生物菌肥的施用，根据土壤的不同选择合适的生物菌肥这样才能更好的达到效果。
　　一是土壤湿度。
　　土壤含水量过大或不足都会影响生物菌肥的施用效果。因为生物菌肥中含有的生物菌大部分是好氧菌，它在土壤见干见湿时生命力才活跃。所以，施用生物菌肥后一定要注意合理浇水，最好选择晴天上午浇小水，这样不仅能提高地温，还能通过放风排湿。浇水后最好进行划锄，以此来增加土壤通透性，利于生物菌发挥效果。
　　二是土壤温度。
　　据了解，生物菌肥中的生物菌一般在土壤18℃-25℃时生命活动最活跃，15℃以下时生命活动开始降低，10℃以下时活动能力已很微弱，甚至处于休眠状态。因此，大棚蔬菜施入菌肥后要注意调控好地温。这就需要首先控制好棚内的气温，以气温促地温回升。一般棚内气温白天应保持在25℃-30℃，夜间棚内温度低，为避免地温散失，除了采取地膜覆盖外，可在操作行内覆盖作物秸秆。
　　三是土壤酸碱度。
　　土壤pH值在6.5-7.5时最适合生物菌的繁殖，菜农可根据自己土壤的情况进行改造，以保证生物菌大量繁殖。
　　另外，在施用生物菌肥后，还要注意增加土壤有机质，也就是增施有机肥。因为生物菌肥的作用是靠生物菌分解土壤中的有机物来实现的，如果土壤中的有机肥施用不足，那么它是分解不出养分来的。