三唑酮属于低毒性杀菌剂。原药大鼠急性经口LD50为1000-1500毫克/公斤，大鼠经皮LD50>1000毫克/公斤。对皮肤有轻度刺激作用，在试验剂量内无致癌、致畸、致突变作用，对鱼类毒性中等，对蜜蜂和鸟类无害。 但是它同样也能抑制植物体内赤霉素生物合成过程中的C-14位脱甲基酶CytP450单加氧酶，使促进细胞伸长的赤霉素不能合成，从而使植物矮化，叶片、果实短小。

　　三唑酮杀菌剂在双子叶作物上更容易造成药害。据中国农药第一网的小编了解，杀菌剂烯唑醇防治西瓜和辣椒苗期白病，容易造成僵苗；在植物生长过程中，喷施三唑类杀菌剂，容易导致黄瓜节间缩短，叶片和瓜果短小；在陕西，用40%福星（氟硅唑）8000～10000倍液防治梨黑星病，曾发生过出现卷叶症状的药害；用烯唑醇的同系物多效唑处理早稻秧苗，造成后茬粳稻秧苗僵化；用三唑酮进行种子处理，曾造成小麦大面积不出苗。

　　同类作物的不同品种对三唑类杀菌剂的敏感性有较大差异，如粳稻比籼稻敏感。不同的三唑类杀菌剂品种对植物的生长抑制能力不同。据南京农业大学植物保护学院周明国等人研究，用相同浓度的三唑类杀菌剂进行种子处理，对禾谷类作物出苗后12天的叶面积的生长抑制如下：抑霉唑15%，三唑醇16%，丙环唑 20%，三唑酮22%，氯苯嘧啶醇23%，乙环唑27%，苄氯三唑醇28%，烯唑醇45%。烯唑醇对植物生长的抑制作用更为明显。在水稻等作物上使用三唑类杀菌剂会导致作物叶片短小，严重时甚至不能抽穗。